Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht!

Danke Bernd für Deine Erklärung, wie man mit diesen Datenbanken umgeht, und
vor allem, daß man sie kritisch betrachten muß!
Ich habe mal spaßeshalber Lachnellula "geBLASTet" und habe das
Ergebnis leider noch nicht verstanden (interessant wäre der relevante
"Abstand" von willkommii zu occidentalis).

Hallo Martin,
Ich kann in der Genbank von Lachnellula occidentalis nur eine LSU-Sequenz mit 322 Basen Länge finden. Das ist eine viel zu kurze Sequenz, solche LSU-Sequenzen sollten für einen BLAST 600 Basenpaare Länge haben oder noch viel länger sein (28S = LSU = Large Subunit). Und noch besser für einen Artenvergleich wäre eine ITS-Sequenz, aber da hat noch keiner eine ITS-Sequenz von Lachnellula occidentalis in die Genbank eingegeben.
Als Musterfall für eine ITS-Sequenz nimm vielleicht die Steinpilzsequenz von Machiel Noordeloos: EU417861. Die hat ein überstehendes Anfangsstück von 8 Basen von der 18S-DNA (= SSU = Small Subunit) und ein überzähliges Endstück der 28S-DNA (LSU) mit ebenfalls 8 Basenpaaren Länge. Macht für ITS1 + 5,8S + ITS2 (kurz "ITS" genannt) eine Gesamtlänge von 670 Basenpaaren.
Also wäre EU417861 eine gut geeignete Sequenz für einen BLAST.
Übrigens sind die ITS-Sequenzen je nach Pilz von Natur aus unterschiedlich lang, aber das macht nichts.

Weiter viel Spaß bei den Sequenzvergleichen!
Bernd